Hola Moisés, gracias por comentar. Hasta donde yo sé, el formato MIDI no puede contener samples de audio dentro de un mismo archivo, pero según el motor de videojuego que uses (tal vez añadiendo algún plugin), se puede combinar un archivo MIDI con otro formato que haga de librería de sonidos, como los archivos SoundFont (.sf2) que contienen samples de cantidad de instrumentos. De esta manera digamos que el MIDI reproduciría siempre los sonidos del archivo SoundFont que contenga el juego y así sonaría igual en todos los dispositivos y no dependería de sonidos externos.

Otra alternativa podrían ser los Trackers, cuyos archivos tienen básicamente lo que estás buscando, son archivos con información como los MIDI pero que además tienen incorporada una librería de sonidos. Creo que se usaban antiguamente en la primera y segunda generación de videoconsolas, pero seguramente se puedan usar de alguna forma en motores de videojuego de hoy. Entre los formatos de archivo de Trackers más populares está el MOD (.mod). Con algún programa se pueden convertir archivos MIDI en MOD, alguna vez yo mismo lo llegué a probar en el pasado pero el peso del archivo acababa siendo equivalente a un MP3 o mayor. Pero quizá se pueda llegar a optimizar mejor.

No sé si te sirva. ¡Un saludo!